لم تعد المعلوماتية الحيوية "صندوق أسود": خدمات تسلسل الرقائق| تحليل البيانات الموحد

انتقلت خدمات تسلسل الشرائح من تجارب متخصصة إلى محركات اكتشاف رئيسية، معيدة تشكيل كيفية فهم العلماء لتنظيم الجينوم والأمراض. قام بارسكي وزملاؤه بتحليل تعديلات واسعة على الهيستون في كتاب Cell (2007)، حيث سرع ChIP-seq المجال. قام اتحاد ENCODE، الذي يضم فرق بقيادة مايكل سنايدر، بتوسيع أطالس عوامل النسخ، بينما استخدم فريق ريتشارد أ. يونغ ChIP-seq لتعريف شبكات تعددية القدرات في الخلايا الجذعية. في Longlight Technology، نبني على هذا الإرث من خلال خدمات تسلسل الشرائح المدمجة من البداية إلى النهاية مع تحليل البيانات الموحد لتعزيز قابلية التكرار وتحويل بيانات ChIP-seq إلى رؤى – حيث نزيل "الصندوق الأسود" للمعلوماتية الحيوية ويمكننا اتخاذ قرارات واثقة.

(جونسون، مرتضوي، مايرز، كشف عامل النسخ وتحديد موقع تعديل الهيستون

والديناميكا عبر خطوط الخلايا من خلال دمج بيانات ChIP-seq وRNA-seq، Science (2007))

ما تقدمه خدمات تسلسل الشرائح

يقوم التكرار المناعي للكروماتين يليه التسلسل (ChIP-seq) بفحص تفاعلات البروتين والحمض النووي عبر الجينوم. من خلال التقاط شظايا الكروماتين المرتبطة بعوامل النسخ أو الهستونات وقراءتها باستخدام تسلسل عالي الإنتاجية، تقوم خدمات تسلسل الشرائح بتحديد مواقع الربط، ورسم خريطة لمناظر تعديل الهستون، وقياس تغيرات الإشغال تحت ظروف مختلفة.

توفر تقنية لونغلايت سير عمل شامل للعينات: تحضير العينات، قص الكروماتين، بناء المكتبات، التسلسل المتقدم، والتحليل الدقيق للبيانات. خدمتنا مناسبة لأحجام العينات الصغيرة، وتدعم تحليل جينات أو مناطق محددة بهدف بحثك، وتطبق فحص جودة صارم في كل رابط لضمان الدقة. وبالاقتران مع التصوير فوق الصوتي المركز لدينا لقص الكروماتين الدقيق والمواد الاستهلاكية عالية الجودة – بما في ذلك أنابيب الكيوبت ومجموعات تحضير المكتبة المختارة – نقدم تقارير بيانات كاملة وبيانات خام بمقاييس جودة شفافة.

(تحليل عالي الدقة لمثيلة الهيستون في الجينوم البشري)

لم تعد المعلوماتية الحيوية a “الصندوق الأسود“

التحدي في العديد من خدمات تسلسل الشرائح هو عدم الاتساق: استدعاء الذروة المتغيرة، التطبيع غير القابل للمقارنة، مراقبة جودة غير شفافة، ومخرجات مجزأة. تطبق تقنية لونغلايت معايير موحدة عبر دورة الحياة التحليلية، مما يضمن الاتساق من استلام العينة إلى التقارير التفسيرية.

خطوط الأنابيب الموحدة مع ضوابط موثوقة وقرارات موثقة وقابلة للتفسير تدعم كل تشغيل. تشمل مصفوفة QC توزيع حجم الإدراج، مؤشرات تعقيد المكتبة، جودة المحاذاة (مثل معدل الخرائط)، معدل التكرار، الضوضاء الخلفية (مثل FRiP/SNR)، وقابلية التكرار (مثل التكرار/التكرار التفاعلي). نقدم تقارير شاملة تربط القمم بالمعنى البيولوجي – حيث تربط احتلال عوامل النسخ ببرامج التعبير الجيني، وعلامات الهيستون بحالات الكروماتين، والأحداث المرتبطة بالوحدات التنظيمية. من خلال فرض معايير مشتركة للمدخلات والعمليات والمخرجات، نحقق قابلية المقارنة بين المشاريع ونمنع الانحرافات التحليلية. تصبح المعلوماتية الحيوية قابلة للتتبع والمراجعة وجاهزة للقرار.

• قابلية التكرار حسب التصميم

• المحركات القابلة للتكرار: أدوات مزروعة، مثبتة على الإصدارات، مراجع موثقة، ومخططات المعلمات لكل اختبار.

• مراقبة الجودة الكمية: مقاييس الأجهزة، معدل الضوضاء (SNR/جودة القراءة) قبل المحاذاة، FRiP/NSC/RSC بعد الذروة، تكرار IDR.

• الحزمة الكاملة: البيانات الخام/المعالجة، فهارس الذروة، الفترات المشروحة، بالإضافة إلى التكوين ومصدر وقت التشغيل.

• التحليل المستهدف: التركيز على جينات أو مناطق محددة عندما تتطلب المشاريع استنتاجات ضيقة قائمة على الفرضيات.

لماذا تقنية Longlight

تدمج شركة Longlight Technology أجهزة مختبرية من الطراز الأول مع معلوماتية قوية لرفع خدمات تسلسل الشرائح عبر البيئات الأكاديمية والسريرية والصناعية.

• تنفيذ المحطة الواحدة: توفير خلايا ثابتة أو نسيج مجمد؛ نقوم بإكمال التحضير، والجز، وبناء المكتبة، والتتابع، والتحليل المعلوماتي الحيوي.

• موثوق بالتصميم: مراقبة الجودة المستمرة تحدد البيولوجيا التي تهتم بها – حتى الجين والمنطقة.

• عينة صغيرة؟ لا توجد مشكلة. نهجنا الذي يعتمد على الحساسية أولا يستخرج أقصى قدر من الرؤى.

• التقارير التي تتحدث لغتك – ربط TF، علامات الهستون، أنماط الربط المشترك، وتتبع Pol II.

• يوفر مكدس المستهلكات الموحد اتساقا من الجل إلى المكتبة.

• التصوير فوق الصوتي المركز: قص دقيق يزيد من خصوصية الإثراء ويحسن أداء المكتبة.

• من العينة to الرؤى: tعملية الخدمة

نحن نبسط الانتقال من سؤال بيولوجي إلى إجابة واثقة. تقدم الخلايا الثابتة أو الأنسجة المجمدة؛ نعيد رؤى واضحة بأقل احتكاك وشفافية كاملة.

• السحب والتعامل الموحد للحفاظ على الكروماتين.

• المعايرة الصوتية لقطع قابلة للتكرار وتناسب الهدف.

• ربط متوازن/PCR للحفاظ على تعقيد المكتبة.

• عمق التسلسل مطابق مع أهداف TF/هيستون.

• فحص مراقبة الجودة والمحاذاة متعدد الطبقات.

• تحليلات القمة/التفريقية/الموضوع/الارتباط المشترك مع تعليقات جينية.

• التقارير، البيانات، الصور البصرية، والملخصات التفسيرية.

التطبيقات aالتأثير

تسلط خدمات تسلسل الشرائح الضوء على علم الأحياء التنظيمي في سياقات تتراوح من التطور إلى الأمراض. من خلال رسم خريطة وجود البروتينات في المواقع الجينومية، يمكنك رسم خرائط احتلال البروتينات داخل المناطق المستهدفة، وتحليل الوجود المشترك لعلامات الهيستون بالنسبة لتعبير الجينات، وتحديد موقع بوليميراز RNA II وارتباط العوامل الناقلة بدقة. في علم الأدوية، يدعم ChIP-seq دراسات آليات العمل؛ في البحث والتطوير الحيوي الصيدلاني، يؤكد التفاعل المستهدف؛ في البحث الأكاديمي، يفك تشفير البرامج النسخية التي تحكم مصير الخلية.

يربط نهجنا مخرجات ChIP-seq بالسرديات البيولوجية. تكشف تحليلات النقوش عن محددات تسلسلية للارتباط. تسلط مصفوفات الربط المشترك الضوء على الشراكات التنظيمية. ملفات تعديل الهيستون تحدد حالات الكروماتين المقطعية. تربط التعليقات المدمجة القمم بالمحفزات والمعززات وأجسام الجينات. نظرا لأن خط الأنابيب بأكمله موحد، تصبح الدراسات الطولية عبر الفترات الزمنية وحالات الخلايا أو العلاجات قابلة للمقارنة مباشرة، مما يقلل الغموض ويقوي الاستنتاجات.

اتصل tالحدث

هل أنت مستعد لخطوط الأنابيب القابلة للتتبع والقمم القابلة للتكرار؟ بالنسبة ل TF أو Histone أو Pol II ChIP-seq، تواصل مع Longlight لحجز استشارة، أو بدء تقديم العينة، أو جولة في تقرير نموذجي مع مقاييس QC. سنساعدك في تحويل بيانات ChIP-seq إلى رؤى قابلة للتنفيذ من خلال تحليل البيانات الموحد، ومراقبة جودة شاملة من البداية إلى النهاية، وإكمال المخرجات المصممة خصيصا لأهداف بحثك.